영남내륙지방에서 가장 오래된 유적으로 확인된 낙동면 신상리 구석기유적에서 출토된 유물을 전시하고 있으며, 신석기시대 유물로는 상주교육청에서 소장하고 있는 석기류를 소개하고 있다.

그리고 청동기시대와 초기 철기시대의 각종 민무늬토기와 돌화살촉, 점토대토기, 주머니호 등과 상주에서 출토되었다고 전해지는 요녕식동검과 한국식동검류도 배치하고 있다. 이러한 유물을 통해 사벌국 이전의 역사적 흐름을 한 눈에 살펴볼 수 있다.

원삼국시대 상주지역에는 사벌국(沙伐國)이 자리잡고 있었다고 하는데 사벌국면 금흔리 일대에 광범위하게 분포하고 있는 토광묘 유적과 그 인근에 위치하고 있는 이부곡토성을 통해 어느 정도 접근해 볼 수 있다.

또한 병성동, 지천동, 함창읍 신흥리, 사벌국면 화달리 등에 광범위한 고분군이 형성되어 있었던 것으로 보아 상주지역에도 강력한 정치세력이 형성되어 있었던 것으로 보인다.

통일신라시대와 고려시대 상주지역의 화려했던 불교문화와 도자기 문화를 소개하고 있다. 대규모 발굴조사 결과, 사적 제477호로 지정된 상주복룡동유적에서 출토된 통일신라시대 부터 조선시대에 이르는 다양한 유물들을 전시하고 있다. 특히 보물 제661호로 지정된 석조천인상을 박물관내로 옮겨 전시하고 있으며, 서곡동에서 출토된 신해명동종 등을 보여주고 있다. 또한 청리지역과 성동동에서 출토된 각종 도자기류도 전시하고 있다.

임진왜란은 1592년부터 1598년까지 7년간 조선과 일본간에 치러진 전쟁으로 1592년 4월 25일, 조선군과 왜군간 최초의 공식적인 전투인 상주북천 전투가 벌어지게 되는데, 조총으로 무장한 왜군에게 무너지고 만다.

그러나 상주판관으로 온 정기룡 장군은 의병을 조직하여 1592년 10월 20일 용화동 전투에서 승리하고 상주성도 탈환하였다. 이렇듯 상주에서의 임진왜란은 정기룡 장군과 의병이 국난극복의 주역이었다.

19세기 말 외세침탈과 1894년 동학농민운동의 실패 및 이로 인한 남·북접의 내부적 갈등 속에서도 김주희(金周熙)는 1915년 동학교(東學敎)로 개칭하고 상주에 동학교당을 창건하여(1924년) 동학 관계 서적의 대대적인 간행사업과 이념위주의 교세확장에 심혈을 기울였으나 1936년 일제의 탄압으로 교세가 위축되었다.

상주 동학교당은 일제강점기하에서 자주적인 발전을 고양하여 동학 본래의 취지를 계승했다는 점에서 그 의의가 크다.